一、设立的学校不同。
教导主任在中国大多中、小学校里设立，而教务主任必须是六学级以上师范学校，或者九学级以上中学才能设立一个教务主任的职位。
二、职责不同
教务主任主要职责是计划、组织、督导、检查全校各科及各教研组的教学工作。 教导主任主要职责是根据国家课程设置和相关要求编制该校教学计划，分配课程，并招聘学校中层教育教学管理人员（如教研组长、年级主任、备课组长等），确保完成教学任务，提高教学质量。
扩展资料
教导主任职责：
要协助校长制定和提出全校学年、学期的教学、教育工作计划和全校发展的预测及规划审查各学科教学研究组和班主任工作计划，并对计划执行情况进行检查和总结
要组织管理全校教学工作，主要是协助校长选配好各科教研组长和各班班主任，根据教师的专长和业务能力分配教学任务
要在校长领导下，组织各科教师对学生进行思想政治工作，使科任教师、班主任、共产主义青年团、中国少年先锋队和学生会等各方面的力量互相配合，共同作好学生的教育工作
要组织管理学生的体育卫生工作，全面关心学生身心健康发展，注意调整学生的学习负担，并配合总务处做好学生生活指导工作
要领导和管理教务行政工作，其中包括：校内外活动时间的安排，招生、编班及学生学籍管理，教师的考绩与业务档案，以及教导处所属图书馆、阅览室、仪器室、实验室等机构及其专兼职人员的管理等。
教务主任职责：
协助校（院）长组织、检查、管理教学或科研工作，其地位与各系(科)平级。