1．海洋微生物资源
我们知道，海洋微生物种类繁多，其生代谢产物的多样性也是陆生微生物无法与其项背的。但能进行人工培养的海洋微生物只有几千种，还未超过总数的1%。目前为止，以分离代谢产物为目的而被分离培养的海洋微生物就少之又少。由于微生物可以经发酵工程大量获得发酵产物，使药源获得了良好的保障。此外，海洋共生微生物有可能是其宿主中天然活性物质的真正产生者，具有较大的研究意义。
2．海洋罕见的生物资源
分布在深海、极地以及人烟稀少的海岛上的海洋动植物，含有某些特殊的化学成分和功能基因。在6000米以下海洋深处，曾发现具有特殊的生理功能的大型海洋蠕虫，在水温高达90℃的海水中仍有细菌存活，这给生物的研究提供了一个新的参考。
3．海洋生物基因资源
在自然界，海洋生物活性代谢产物是由单个基因或基因组编码、调控和表达获取的。获得了这些基因就代表着可以获得这些化合物。海洋药用基因资源的研究将大大有利于新的海洋药物的研究和开发。
海洋生物基因资源细分为以下两种：
（1）海洋动植物基因资源：包括活性物质的功能基因，如活性肽、活性蛋白就属此类。
（2）海洋微生物基因资源：包括海洋环境微生物基因及海洋共生微生物基因。
4．海洋天然产物资源
人类对海洋天然产物的研究已有数十年的历史，并从中积累了相当丰富的研究资料，为海洋药物的开发提供了充足的科学依据，它的意义十分重大。
（1）对已经发现的上万种海洋天然产物，采用多靶点的方式进行筛选，发现新的活性。
（2）对已经发现的海洋天然产物进行一些，如结构修饰或结构改造。
（3）使用组合化学或生物合成技术，衍生更多的新型化合物，从中筛选出新的活性成分。
5．海洋中药资源
中药是我国传统医药的主要代表之一，海洋中药则是我国中药宝库的不可或缺的组成部分，是一种民间长期用药经验的总结。历代本草中经现代临床实践证明疗效确切的海洋药物有110多种，是寻找先导化合物和开发海洋药物的重要资源。从海洋中药开发新药具有针对性强、见效快、周期短等优点，发展前景乐观。