1、六偏磷酸钠本身无毒，使用方法正确时对人体无害。但是如果未正规使用，如混杂其他物质、添加过量等，长期大量使用可能会对人体有害，可能出现中毒、氟骨症等。此外，六偏磷酸钠包括食品级和工业级，其中食品级可以食用而工业级不能食用，但可正常与人体接触。
2、中毒：食品级六偏磷酸钠中有少量重金属如铅等物质，长期大量食用后会出现全身慢性中毒反应，如皮肤色素角化、癌变等。而工业级六偏磷酸钠由于未清除对机体有害的化学成分，属于化学物质，禁止食用，误服可能导致中毒，严重者会有生命危险；
3、氟骨症：食品级的六偏磷酸钠有氟化物，若在使用时添加过量，长期大量食用添加此物质的食物可能会导致氟骨症，使骨骼中钙质减少，造成骨质疏松等。
4、此外，无论是添加了食品级六偏磷酸钠的食物，还是添加了工业级六偏磷酸钠的产品，均需注意选择具备相关资质的厂家，避免购买假冒产品。