1959年11月1日，新疆军区生产建设兵团农学院在石河子成立。石河子园艺队、新疆军区生产建设兵团机务训练班并入新疆军区生产建设兵团农学院。
1966年，由于“文化大革命“停止招生，毕业学生停止分配。
1969年，新疆军区生产建设兵团农学院撤销。
1970年9月，新疆军区生产建设兵团农学院复校。
1971年，学院从石河子搬迁到奎屯，学院为师级单位，直属兵团领导。
1976年，原新疆军区生产建设兵团农学院，改名为“奎屯农学院”，由伊犁哈萨克自治州领导。
1979年，新疆军区生产建设兵团奎屯农学院更名为石河子农学院。
1984年，成立石河子农学院系统科学系。
1996年6月，四校合并为石河子大学时成立石河子大学农学院系统科学系。
1999年4月，成立石河子大学农学院信息工程系。
2001年4月，更名为石河子大学信息工程学院。
2004年，更名为石河子大学信息科学与技术学院。
石河子大学信息科学与技术学院
办学条件院系设置目前，学院设有计算机科学与技术、信息管理与信息系统、软件工程、数据科学与大数据技术5个本科专业，下设计算机科学系和数据科学系两个教学系，并承担全校非计算机专业本科生的计算机基础教学任务。设有农业工程学术硕士，现代教育技术、电子信息专业硕士3个学位点。下设计算机教学实验中心、网络与通信实验中心、网络控制与教学资源中心。
院系设置院系设置所辖专业计算机科学系计算机科学与技术信息管理与信息系统软件工程数据科学系数据科学大数据技术数据科学系
本专业基于“立足兵团、服务新疆、面向全国、辐射中亚”的办学定位，坚持“以服务为宗旨，在贡献中发展”的办学理念，服务于区域经济建设和信息技术行业发展，培养具有现代管理学理论基础、计算机科学技术知识及应用能力、良好的人文素养和工程职业道德，能在信息化建设领域，从事信息管理、信息技术应用以及信息系统的分析、设计、实施、管理、咨询和评价等工作的高素质应用型人才。
计算机科学系
计算机科学系包括专任教师18人，其中副教授以上11人，具有博士学位教师4人，硕士生指导教师7人，设置四个教研室：计算机基础理论、计算机应用、计算机网络、计算机软件。目前承担计算机科学与技术、计算机科学与技术（定向）和软件工程三个专业的人才培养和专业建设工作。近年来获宝钢优秀教师奖1人，自治区教学能手1人，自治区网信办智库专家1人，自治区高校计算机教育学会理事1人。
计算机系承担建设兵团空间信息工程技术研究中心、空间信息获取与应用技术国家地方联合工程实验室等省部级科研平台，整合学科团队建设大数据与数据挖掘、机器视觉与数字图像处理、低空遥感数据获取和网络与信息安全4个研究室。
经过多年的发展，计算机系在大数据与数据挖掘、空间信息获取与处理、农业信息化技术、网络与信息安全等研究方向形成特色，整体科研实力较强。承担了国家自然科学基金项目、国家科技支撑计划项目课题（子课题）等20余项国家级项目，获兵团科技进步一等奖1项；出版学术专著3部，获授权发明专利和软件著作权登记50余项；
我系教师积极指导学生课外科技活动，学生在“互联网+”、ACM、网页设计等大赛中取得较好成绩，毕业生就业率高，就业质量好。
教育教学
学院下设党政办、教科办、学办（团委）三个管理部门，计算机科学与技术、软件工程、信息管理与信息系统三个专业系，一个计算机基础教育教学部和计算机教学、网络与通信2个教学实验中心，一个图书资料室。学院现有教职员工89人，专任教师70人，其中：教授3人，副教授8人，讲师20人；取得硕士学位和攻读硕士学位的教师占教师总人数的50%。学院开设三个本科专业面向全国31省区招生，另招收计算机科学与技术第二学士学位学员，在校生人数1000余人。多年来为国家、自治区、兵团培养信息技术人才近3000名，遍布天山南北、祖国各地，为地方和国家信息技术发展和社会进步作出了贡献。
机构设置计算机教学中心计算机教学中心成立于2001年4月，属于校级实验中心，实施校、院两极管理，隶属石河子大学信息科学与技术学院。中心现有10个微机实验室，总面积2000平方米，固定资产总价值648.72万元。配置p4以上微机660台，每个实验室都有多媒体教学设施和网络设备，中心内部建成局域网并接入校园网，形成良好的基础实验平台和信息平台。本中心主要承担大学49个非计算机专业本科生和学院三个本科专业的22门课程的计算机基础实验教学任务，实验项目数206个，可同时承担20个教学班实验。每年有实验学生数1万人，上机实验50万机时。
中心现有专兼职人员30人，其中实验教学人员26人，机房管理人员4人。有教授3人，副高10人，具有硕士学位4人。中心的基础课实验队伍，人员层次、结构、科学合理，全体人员敬业爱岗，团结合作，具有创新精神和实践能力。
计算机教学中心近年来抓住自治区高校非计算机专业计算机基础教育课程评估、基础实验室评估、全国高等院校本科教学水平评估和北京大学“对口支援”的历史性机遇，很抓实验室建设、实验教学建设、实验队伍建设，经过几年计算机教学中心的面貌焕然一新。2003年4月中心经过努力各项指标达到基础课教学实验室合格标准，并通过大学和自治区评估验收，被大学授予“基础课教学实验室示范中心”。
网络与通信实验中心网络与通信实验中心是石河子大学信息科学与技术学院的计算机专业的专业实验室，初步建成了现代化的培养计算机专业人才的实验教学基地。
实验中心已有八个专业实验室和一个建设中的实验室。分别是数据科学与工程实验室、计算机原理与微机接口实验室、单片机与自动控制实验室、通信与信号处理实验室、计算机网络实验室、图形与图像处理实验室、eda实验室、电子电路综合实验室（建设中）等。实验中心总面积680平方米，价值近500万元的设备。中心各实验室配有先进的实验教学仪器设备及网络、多媒体等教学设施，面向全校计算机专业学生开设计算机的实验教学课程，并对校外开放。
软件开发部软件开发部是石河子大学信息科学与技术学院的软件开发部门，成员多为本院的教授及研究生和部分本科生组成，2008年至今已培数百名软件开发实践能力极强的人才，也为阿里巴巴、百度、中国电信、华为等公司输送了新鲜血液。
部门对成员的发展主要以实践为主，所以长期承接校内外软件项目，有良好的软件开发经验，和学习氛围。
计算机爱好者协会计算机爱好者协会是石河子大学信息科学与技术学院团委旗下的社团，成员分为专业和非专业方向，在学校内影响广泛，为学院的各实验室提供了优秀的学员。自2003年社团成立以来从偏向硬件维修方向转向软件编程方向，带动了学院的学习气氛，培养出一批热爱编程、善于编程的优秀大学生。
科学研究学术资源学院在20多年的办学进程中，注重实践教学和应用能力培养，以本科教育为基础，积极争取硕士点建设，兼顾成人、高职教育，坚定不移的走内涵式发展的道路，形成了重实践、强应用的办学传统。学院在学校实施跨越式发展的过程中，努力改善教学科研基础设施，重视学生素质培养。学院最先开设计算机科学与技术专业并以重本在新疆招生，学院现有10个微机实验室，6个专业实验室，拥有教学实习场所4600平方米，仪器设备1880台（件），总价值1168万元，校外教学实习基地近10个。历年来该院学生在全国大学生数学建模竞赛、大学生英语竞赛、IT&AT、ACM竞赛中均取得了优异成绩。
科研成就学院重视人才培养、科学研究、社会服务三大职能的协调发展，在搞好本科教育的基础上，十分重视开展科学研究、教学研究、科技服务和对外交流活动，借助与北京大学、天津大学、西安交通大学相关学院的对口支援关系，坚持走学、研、产相结合的道路。近年来，学院主持参与的国家级、省部级、厅局级各级科研、教改项目50余项，在各级学术刊物上公开发表论文200余篇。
领导团队职务姓名党委书记赵庆展院长李志刚党委委员、副院长戴建国、刘长征（试用期一年）[1]党委委员、网络中心主任邵闻珠副院长付少锋、高攀（试用期一年）[1]